Una serie de cartas se han publicado en El Mercurio en torno al Museo de la Memoria y los Derechos Humanos.La primera es de un particular crítico al museo y quien finaliza en su carta "Sugiero una reformulación del contenido y del nombre: Museo de Fracaso, el de la Unidad Popular y el de ahora". La segunda cartapublicada, la escribió el director del museo, Ricardo Brodsky Baudet, en respuesta a la anteiror, donde explica la misión de este centro.

Sin embargo, la más polémica de las cartas llegó de manos de la directora de la Bibliotecas, Archivos y Museos, Dibam, Magdalena Krebs, quien plantea una serie de críticas en torno a este museo, su estructura y aporte a la comunidad. Haciendo eco de las dos cartas anteriores, Krebs publica, sobre la limitada función pedagógica que ofrece este museo:

"La opción que tomó el museo en cuestión, de circunscribir su misión sólo a las violaciones a los DD.HH., sin proporcionar al visitante los antecedentes que las generaron, limita su función pedagógica".

Cuestiona además la necesidad del museo de mostrar ambas partes de la historia y no solo limitarla a un sector:

"Una visión incompleta de los hechos hace difícil la comprensión del mensaje y lo desvincula de la responsabilidad de cada uno de nosotros para con el sistema democrático".

Una de las citas que mas debate causó en las redes sociales, fue que el museo "debiera (...) contribuir a la armonía de la sociedad", pues deja en cuestión el aporte de este museo a un entendimiento ciudadano. Tras ello agrega, un párrafo que en especial, en Twitter, fue calificado como justificación a la dictadura:

"A la luz de la contingencia que vivimos hoy, sería una gran contribución que el museo explicara los hechos anteriores al golpe, pues pondría una nota de atención sobre los límites, la necesidad de cuidar las formas y los procedimientos democráticos".